Сан-Томе (порт. São Tomé) — столица и крупнейший город государства Сан-Томе и Принсипи.

Город расположен на острове Сан-Томе. Основан португальцами в 1485 г. и назван в честь апостола Фомы (São Tomé).

Сан-Томе является столицей государства Сан-Томе и Принсипи, столицей провинции Сан-Томе и центром округа Агуа-Гранде.